Weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)

SGC(b):20.20121105

■Weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)が紹介された。
・R packageはこちら
・Weighted network(wiki)

■scale freeとは、どこをみても(拡大しても縮小しても)同じであること。by RY

紹介された論文では、R2(correlation coefficient)>0.8でscale freeとしていたが…？

■distanceの定義
2人がどれくらいshareしているかで、２つ間の距離を測る
＝２つのnodeが、結ばれているnodeをいくつ共有しているか、で２者間の距離を決める。

■step function(階段関数)

y0 <- c(1.,2.,4.,3.)
sfun0  <- stepfun(1:3, y0, f = 0)
sfun.2 <- stepfun(1:3, y0, f = .2)
sfun1  <- stepfun(1:3, y0, f = 1)
sfun1c <- stepfun(1:3, y0, right=TRUE)# hence f=1
sfun0
summary(sfun0)
summary(sfun.2)
par(mfrow=c(2,2))
plot(sfun0)
plot(sfun1)
plot(sfun.2)
plot(sfun1c)

■power function(指数関数)